Оптимизация метода подготовки проб ПЦР-РВ с целью оценки экспрессии генов в процессе контроля дозозависимого изменения функционального состояния клеток организма человека под влиянием ксенобиотиков

Автор: Н.А. Крайнова, Д.C. Макеева, Д.Г. Максименко, Н.В. Пулькова, М.Ю. Шкурников

Страница: 71-77

Оптимизация метода подготовки проб ПЦР-РВ с целью оценки экспрессии генов в процессе контроля дозозависимого изменения функционального состояния клеток организма человека под влиянием ксенобиотиков

Биотехнология, 2013, № 6, С. 71-77

УДК 57.081

Раздел:  «Метрология, стандартизация, контроль»

Н.А. Крайнова ^{1, *},  Д.C. Макеева ^{1, 2},  Д. Г. Максименко ¹,  Н.В. Пулькова ¹,  М.Ю. Шкурников ³

¹  Научно-технический центр «Биоклиникум»,  Москва,115088

²  Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова,  Москва, 119991

³  ФГБУ «НИИ общей патологии и патофизиологии» РАМН,  Москва. 125315

e-mail:  n.krainova@bioclinicum.com

Оптимизация метода подготовки проб ПЦР-РВ с целью оценки экспрессии генов в процессе контроля дозозависимого изменения функционального состояния клеток организма человека под влиянием ксенобиотиков

Разработан подход к оптимизации подготовки проб для анализа изменения экспрессии фиксированного числа маркерных генов с использованием 96-луночных планшетов и их аналогов при анализе токсического действия лекарств в широком диапазоне концентраций на примере эффекта цисплатина на клетки микрососудистого эндотелия линии клеток HMEC-1. Наиболее значимые изменения в экспрессии (до 10 раз) были обнаружены у гена HSP90AA1 при одинаковых условиях подготовки всех проб для анализа. Созданы практические рекомендации, которые могут быть применены для исследования токсичности других ксенобиотиков на различных клеточных моделях in vitro с невысоким содержанием клеток.

Ключевые слова:  гены GSR, FOS,NQO1, FAS, HSP90AA1, HSPA1A, HSPB1, MYC;  клетки линии HMEC-1,  преамплификация кДНК,  ПЦР-РВ.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Optimization of Sample Preparation for RT-PCR Gene Expression Analysis during Dose-dependant Drug Toxicity Studies of Xenobiotics Impact on Human Cell Lines

N.A. Krainova ^{1, *},  D.S. Makeeva ^{1, 2},  D.G. Maksimenko ¹,  N.V. Pul'kova ¹,  and  M.Yu. Shkurnikov ³

¹  The Research-and-Technical Center Bioclinicum,  115088, Moscow Russia

²  The Faculty of Bioengineering and Bioinformatics, Lomonosov Moscow State University,  119991, Moscow Russia

³  The Research Institute for General Pathology and Pathophysiology, Russ. Acad. Med. Sci.,  125315, Moscow Russia

e-mail:  n.krainova@bioclinicum.com

An approac to the optimization of sample preparation for the gene expression analysis of a fixed number of marker transcripts in 96-well plates and their analogs during the analysis of toxic effects of drugs within their wide concentration diapason using as a model the impact of cisplatin on of the HMEC-1 microvascular endothelium cell line has been discussed. The most significant changes (up to 10 times) were recorded in the HSP90AA1 gene expression under the equal conditions for all samples preparing. The practical recommendations for the application of the suggested scheme to the analysis of toxicities of other xenobiotics in various in vitro models with a low cell amount were given

Key words:  cDNA preamplification,  cisplatin,  genes of GSR, FOS, NQO1, FAS, HSP90AA1, HSPA1A, HSPB1 and MYC;  HMEC-1 cell line,  RT-PCR.

15.04.2014, 9141 просмотр .