Оценка потенциальных референсных генов для нормализации данных ПЦР-РВ в экспериментах с клетками линии HeLa

Автор: Н.А. Крайнова, Н.А. Хаустова, Д.C. Макеева, Н.Н. Федотов, Е.А. Гудим, Е.А. Рябенко, М.Ю. Шкурников, В.В. Галатенко, Д.А. Сахаров, Д.В. Мальцева.

Страница: 42-50

Оценка потенциальных референсных генов для нормализации данных ПЦР-РВ в экспериментах с клетками линии HeLa

Биотехнология, 2013, № 1, С. 42–50

УДК 57.04, 57.017.3, 577.1

Н.А. Крайнова¹, Н.А. Хаустова¹, Д.C. Макеева^{1, 2}, Н.Н. Федотов³, Е.А. Гудим⁴, Е.А. Рябенко¹, М.Ю. Шкурников⁴, В.В. Галатенко³, Д.А. Сахаров¹, Д.В. Мальцева^1,*

 ¹ ООО НТЦ «БиоКлиникум», Москва, 115088

² МГУ им. М.В. Ломоносова, Факультет биоинформатики и биоинженерии, Москва, 119991

³ МГУ им. М.В. Ломоносова, Механико-математический факультет, Москва, 119991

⁴ ФГБУ "НИИ общей патологии и патофизиологии РАМН", Москва, 125315

e-mail: d.maltseva@bioclinicum.com

Основным критерием выбора гена в качестве референсного для нормализации данных ПЦР в режиме реального времени является постоянство уровня его экспрессии во всех рассматриваемых в ходе исследования условиях. В данной работе основные методы изучения стабильности экспрессии потенциальных референсных генов (DCt, geNorm, qBase и эквивалент-тест Халлера) были применены в отношении одной из наиболее широко используемых в современных исследованиях клеточных моделей — линии HeLa. Оценивалась стабильность экспрессии семи генов-кандидатов — HPRT1, ACTB, GAPDH, RPS18, HSPC3, UBC и SDHA — в стандартных условиях, в условиях теплового шока и в процессе релаксации. По совокупным результатам всех использованных методов гены RPS18 и HSPC3, обладающие наибольшей стабильностью экспрессии в рамках использованной модели, были выбраны в качестве референсных.

Ключевые слова: клеточная линия HeLa, ПЦР в режиме реального времени, референсные гены, стабильность экспрессии, тепловой шок, HSPA1A.

Evaluation of Candidate Reference Genes for Normalization of RT-PCR Data with HeLa Cells

N.A. Krainova¹, N.A. Khaustova¹, D.S. Makeeva^{1, 2}, N.N. Fedotov³, E.A. Gudim⁴, E.A. Riabenko¹, M.Yu. Shkurnikov⁴, V.V. Galatenko³, D.A. Sakharov¹, And D.V. Maltseva^1,*

 ¹ The Research-and-Technique Center BioClinicum, 115088, Moscow Russia

² The Lomonosov Moscow State University, Faculty of Bioinformatics and Bioengineering, 119991, Moscow Russia

³ The Lomonosov Moscow State University, Faculty of Mechanics and Mathematics, 119991, Moscow Russia

⁴ The Research Institute for Pathology and Pathophysiology, Russ. Acad. Med. Sci., 125315, Moscow Russia

e-mail: d.maltseva@bioclinicum.com

Stability in expression under all studied conditions is a main criterion for the selection of reference gene for normalizing of RT-PCR results. In this work, we have used the basic methods for the assessment of the stability of candidate reference genes, DCt, geNorm, qBase and the Haller’s criterion of equivalence, to evaluate the applicability of reference genes (HPRT1, ACTB, GAPDH, RPS18, HSPC3, UBC, and SDHA) to RT-PCR to the most widely spread cell model, the HeLa line. The experiments were performed under standard conditions, heat shock and relaxation. Based on the summarized results obtained by all the methods, the RPS18 and HSPC3 genes that displayed the greatest expression stability within the frames of the used model were selected as reference.

Key words: expression stability, heat shock, HeLa cell line, HSPA1A, real-time PCR, reference genes.

06.05.2013, 5711 просмотров.