Научные публикации

Riboswitches in regulation of Rho-dependent transcription termination

Sergey Proshkin, Alexander Mironov, Evgeny Nudler
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms (Impact Factor: 5.46). 01/2014;

АНТИМИКРОБНАЯ АКТИВНОСТЬ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ВИДА BACILLUS MEGATERIUM

АНТИМИКРОБНАЯ АКТИВНОСТЬ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ВИДА BACILLUS MEGATERIUM

Авторы   Маланичева И. А.1, Козлов Д. Г.1, Сумарукова И. Г.1, Ефременкова О. В.1, Зенкова В. А.1, Катруха Г. С.1, Резникова М. И.1, Тарасова О. Д.2, Синеокий С. П.2, Эль-Регистан Г. И.3

1 Учреждение РАМН Институт по изысканию новых антибиотиков им. Г.Ф. Гаузе РАМН, Москва

2 ФГУП Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов, Москва

3 Учреждение Российской академии наук Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского РАН, Москва

Журнал Микробиология Издательство Академиздатцентр "Наука" РАН

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ И ФИЗИОЛОГИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ДРОЖЖЕЙ KLUYVEROMYCES LACTIS И KLUYVEROMYCES MARXIANUS: АНАЛИЗ ШТАММОВ ИЗ ВСЕРОССИЙСКОЙ КОЛЛЕКЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ (ВКМ)

Авторы Наумова Е. С.1, Наумов Г. И.1, Никитина Т. Н.2, Садыкова А. Ж.1, Кондратьева В. И.1

1 Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов, Москва

2 Всероссийская коллекция микроорганизмов, Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН, Пущино

 Журнал Микробиология Издательство Академиздатцентр "Наука" РАН

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ -ГЛЮКОЗИДАЗ ДРОЖЖЕЙ: МАЛЬТАЗЫ И ИЗОМАЛЬТАЗЫ

Авторы Наумов Г. И., Наумов Д. Г.

Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов (ГосНИИгенетика), Москва

Журнал Микробиология Издательство Академиздатцентр "Наука" РАН

УРОВЕНЬ ЭКСПРЕССИИ ГЕНА RASSF1А В ПЕРВИЧНЫХ ЭПИТЕЛИАЛЬНЫХ ОПУХОЛЯХ РАЗНОЙ ЛОКАЛИЗАЦИИ

Авторы Пронина И. В.1, Логинов В. И.1, Ходырев Д. С.1, Казубская Т. П.2, Брага Э. А.1

1 Государственный научный центр “ГосНИИгенетика”, Москва, 117545

2 Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина Российской академии медицинских наук, Москва, 115478

Журнал Молекулярная биология

Издательство Академиздатцентр "Наука" РАН

СИНТЕЗ 1-БУТАНОЛА КЛЕТКАМИ ESCHERICHIA COLI ПРИ ФОРМИРОВАНИИ БУТИРИЛ-КОА ГЕТЕРОЛОГИЧНЫМИ ФЕРМЕНТАМИ КЛОСТРИДИЙ И НАТИВНЫМИ ФЕРМЕНТАМИ -ОКИСЛЕНИЯ ЖИРНЫХ КИСЛОТ

Авторы: Гулевич А. Ю., Скороходова А. Ю., Моржакова А. А., Антонова С. В., Сухоженко А. В., Шакулов Р. С., Дебабов В. Г.

МИКРОБНЫЙ СИНТЕЗ ДЕЙТЕРИЙ-МЕЧЕННОГО L-ФЕНИЛАЛАНИНА ФАКУЛЬТАТИВНОЙ МЕТИЛОТРОФНОЙ БАКТЕРИЕЙ BREVIBACTERIUM METHYLICUM НА СРЕДАХ С РАЗЛИЧНЫМИ КОНЦЕНТРАЦИЯМИ ТЯЖЕЛОЙ ВОДЫ

Мосин О. В.1, Швец В. И.1, Складнев Д. А.2, Игнатов И.3

 

1 Московский государственный университет тонких химических технологий им. М. В. Ломоносова, 117571, Москва, пр-т Вернадского, 86

2 Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов, 117545, Москва, 1-й Дорожный пр., 1

3 Научно-исследовательский центр медицинской биофизики, Болгария, 1111, София, ул. Н. Коперника, 32

Metabolic engineering of Escherichia coli for 1-butanol biosynthesis through the inverted aerobic fatty acid β-oxidation pathway.

Andrey Yu Gulevich; Alexandra Yu Skorokhodova; Alexey V Sukhozhenko; Rustem S Shakulov; Vladimir G Debabov

Biotechnol. Lett. 34, 463 (2012)

Research Institute for Genetics and Selection of Industrial Microorganisms, 1-st Dorozhniy Pr., 1, Moscow, Russia, 117545, gulevich@genetika.ru.

The basic reactions of the clostridial 1-butanol biosynthesis pathway can be regarded to be the inverted reactions of the fatty acid β-oxidation pathway. A pathway for the biosynthesis of fuels and chemicals was recently engineered by combining enzymes from both aerobic and anaerobic fatty acid β-oxidation as well as enzymes from other metabolic pathways. In the current study, we demonstrate the inversion of the entire aerobic fatty acid β-oxidation cycle for 1-butanol biosynthesis. The constructed markerless and plasmidless Escherichia coli strain BOX-3 (MG1655 lacI ( Q ) attB-P( trc-ideal-4)-SD(φ10)-adhE(Glu568Lys) attB-P( trc-ideal-4)-SD(φ10)-atoB attB-P( trc-ideal-4)-SD(φ10)-fadB attB-P( trc-ideal-4)-SD(φ10)-fadE) synthesises 0.3-1 mg 1-butanol/l in the presence of the specific inducer. No 1-butanol production was detected in the absence of the inducer.

Science: H2S: A Universal Defense Against Antibiotics in Bacteria

H2S: A Universal Defense Against Antibiotics in Bacteria

Konstantin Shatalin,1 Elena Shatalina,1 Alexander Mironov,2 Evgeny Nudler1*

Many prokaryotic species generate hydrogen sulfide (H2S) in their natural environments. However, the biochemistry and physiological role of this gas in nonsulfur bacteria remain largely unknown. Here we demonstrate that inactivation of putative cystathionine b-synthase, cystathionine g-lyase, or 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase in Bacillus anthracis, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, and Escherichia coli suppresses H2S production, rendering these pathogens highly sensitive to a multitude of antibiotics. Exogenous H2S suppresses this effect. Moreover, in bacteria that normally produce H2S and nitric oxide, these two gases act synergistically to sustain growth. The mechanism of gas-mediated antibiotic resistance relies on mitigation of oxidative stress imposed by antibiotics.

 

Science, 23 April 2010, Volume 328: Cooperation Between Translating Ribosomes and RNA Polymerase in Transcription Elongation

During transcription of protein-coding genes, bacterial RNA polymerase (RNAP) is closely followed by a ribosome that translates the newly synthesized transcript. Our in vivo measurements show that the overall elongation rate of transcription is tightly controlled by the rate of translation. Acceleration and deceleration of a ribosome result in corresponding changes in the speed of RNAP. Moreover, we found an inverse correlation between the number of rare codons in a gene, which delay ribosome progression, and the rate of transcription. The stimulating effect of a ribosome on RNAP is achieved by preventing its spontaneous backtracking, which enhances the pace and also facilitates readthrough of roadblocks in vivo. Such a cooperative mechanism ensures that the transcriptional yield is always adjusted to translational needs at different genes and under various growth conditions.